| -2 | -1 | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||||||||||
| A | -0.43 | -5.01 | 1.34 | -1.06 | 0.02 | -0.12 | -0.51 | -0.41 | ||||||||||
| C | -0.77 | 1.08 | -5.33 | -0.24 | -0.08 | 0.13 | -0.19 | -0.07 | ||||||||||
| G | 0.43 | -4.50 | -4.50 | 0.95 | -4.50 | 0.02 | 0.48 | 0.22 | ||||||||||
| T | 0.54 | -5.07 | -1.67 | 0.01 | 0.50 | -0.10 | 0.23 | 0.24 | ||||||||||
| Concensus | T | C | A | G | T | n | G | t | ||||||||||
| G | t | g | ||||||||||||||||
| Example | T | C | T | G | T | A | T | G | ||||||||||
| Score | 0.54 | + | 1.08 | + | -1.67 | + | 0.95 | + | 0.50 | + | -0.12 | + | 0.23 | + | 0.22 | = | 1.73 | |